A história do Futebol Feminino no Santos FC começou a ser escrita em 1997, quando a Federação Paulista de Futebol (FPF) organizou o primeiro campeonato estadual da modalidade. A partir daí, o Santos FC montou um time que tinha no comando ninguém menos que o ídolo eterno Manoel Maria. Na primeira disputa de título, o Peixe ficou com o vice, após perder para o São Paulo, que na época tinha em seu elenco craques como Sissi, Formiga e Kátia Cilene.
Após este episódio, assumiu o comando da equipe o técnico Kleiton Lima, que permaneceu no cargo até o final de 2010, quando foi substituído pelo então preparador físico, Gustavo Feliciano.
A primeira taça veio no ano 2000, quando a equipe conquistou os Jogos Abertos do Interior. Nos anos seguintes, o Clube contratou jogadoras estrangeiras de renome como a camisa 10 da Seleção Australiana, Joye Peters, as norte-americanas Caitlin Fisher, do Boston Renegades, e Lori Lindsei, da Seleção dos Estados Unidos, e Melissa Lesage, da Seleção do Canadá. A parceria com universidades e clubes estrangeiros permitiu que a modalidade crescesse ainda mais no Santos FC.
Mas foi em 2007 que a equipe deslanchou após conquistar os três principais títulos do ano: os Jogos Regionais do Interior, o Campeonato Paulista e a Liga Nacional (correspondente ao Brasileiro). Neste ano vitorioso, veio então o verdadeiro reconhecimento: o Santos FC virou referência no futebol feminino.
Foi então que, em 2008, o Futebol Feminino, que era subordinado ao departamento de Esportes do Clube, passou a ter um departamento exclusivo. Assim, foram firmadas parceiras para que o Clube passasse a oferecer a suas atletas uma estrutura totalmente profissional.
Os resultados do investimento não demoraram a aparecer. O técnico Kleiton Lima foi convidado pela Confederação Brasileira de Futebol (CBF) para dirigir a Seleção Brasileira Sub-20, que disputaria o Sul-Americano no final do ano. Lima levou sete jogadoras do Santos FC: Janaína, Auinã, Calan, Rubi, Érika, Fran e Ketlen, e o Brasil foi campeão invicto da América do Sul. Ketlen Wiggers também foi convocada para servir a categoria Sub-17 do selecionado nacional.
A tradição em ceder atletas para a Seleção Brasileira se manteve e quatro Sereias da Vila foram a Pequim disputar os Jogos Olímpicos. Ester, Érika, Fran e Maurine voltaram com a prata olímpica e foram recebidas com muita festa na cidade.
No mesmo ano, as Sereias da Vila entraram na disputa pela Copa do Brasil e levantaram a taça após vencerem as finais contra Sport Club Recife por 3 a 1, em Recife (PE), e 3 a 0 em Santos (SP). Com uma campanha irretocável, o Peixe foi campeão invicto do torneio. Foram nove jogos, oito vitórias e um empate onde as Sereias sacudiram as redes adversárias 25 vezes, sofrendo apenas quatro gols.
Mas foi em 2009 que o time feminino do Peixe viveu seu momento áureo. Começamos com o pé direito quando o técnico Kleiton Lima teve seu nome confirmado à frente da Seleção Brasileira adulta. E, no dia 10 de setembro, o Santos FC apresentou a Rainha Marta, melhor jogadora do mundo, para disputar a primeira edição da Copa Libertadores da América e a Copa do Brasil.
Além de Marta, o Santos FC contratou a atacante Cristiane, eleita terceira melhor do mundo, e a goleira Andréia Suntaque, medalhista de prata nas Olimpíadas de Atenas e Pequim. No mesmo período, Érika e Fran, que foram disputar a Liga Norte-Americana, voltaram a integrar a equipe santista.
Com um time arrasador, o Peixe venceu com 100% de aproveitamento a Libertadores e a Copa do Brasil. O número de admiradores das Sereias da Vila aumentou expressivamente e todas as atletas tiveram seu trabalho e esforço valorizados. Na grande final da Libertadores, mais de 15 mil pessoas lotaram a Vila Belmiro e as Sereias da Vila conquistaram milhares de fãs por todo o Brasil.
A temporada 2009 foi finalizada com uma convocação recorde para a Seleção Brasileira. Ao todo, 11 Sereias foram disputar o Torneio Cidade de São Paulo, no Pacaembu. Andréia Suntaque, Aline Pellegrino, Janaína, Ester, Maurine, Erikinha, Dani, Fran, Érika, Cristiane e Marta foram campeãs invictas com o Brasil.
Temporada 2010
Em 2010, a equipe não parou de crescer e contratou as atletas da Seleção Sub-17, Beatriz e Paula, que, junto com Thais, que já era uma Sereia da Vila, foram campeãs sul-americanas com o Brasil. O título garantiu a vaga para a disputa do Mundial da FIFA, que aconteceu em Trinidad & Tobago.
Ketlen Wiggers também foi campeã sul-americana com o Brasil em 2010. Servindo a seleção Sub-20, a atleta foi para o Mundial da FIFA, mas as brasileiras foram eliminadas ainda na primeira fase da competição.
Com oito atletas convocadas, o Brasil foi campeão Sul-Americano em 2010. O título garantiu vaga na Copa do Mundo da Alemanha (O Brasil foi eliminado nas quartas-de-final) e nos Jogos Olímpicos de Londres.
Para fechar o ano com chave de ouro, as Sereias da Vila foram campeãs Paulistas e dos Jogos Regionais.
Temporada 2011
Em 2011, na estreia do técnico Gustavo Feliciano, Marta voltou a atuar com a camisa do Santos FC e ajudou a equipe a conquistar o título do Torneio Internacional Interclubes, realizado em Araraquara (SP). Porém, diferentemente do apoio da torcida que as Sereias da Vila tiveram em 2009, em Araraquara o número de torcedores era muito pequeno, mesmo com a presença da Rainha do Futebol, na oportunidade eleita pela quinta vez a melhor jogadora do mundo pela FIFA.
Após sua participação no torneio, a Rainha do Futebol voltou para a Liga Norte-Americana para atuar no New York Flash, onde conquistou o título de campeã ao lado da lateral do Santos FC Maurine.
Além de campeãs do Torneio Internacional, as Sereias da Vila conquistaram o Campeonato Paulista, após superarem o Centro Olímpico na grande final por 2 a 1, com gols de Karen e Erika. O Peixe também foi campeão dos Jogos Abertos e Regionais, representando a cidade de Santos, e conquistou a medalha de bronze na terceira edição da Copa Libertadores da América.
As Sereias da Vila também participaram da Copa do Brasil onde foram eliminada nas quartas-de-final pelo Foz Cataratas, após uma derrota por 2 a 1 na casa das adversárias e um empate sem gols na Vila Belmiro.
O ano de 2011 também marcou a saída de Cristiane, Aline Pellegrino e Fabi, atletas da Seleção Brasileira, para o futebol russo.
